La Institución Educativa José María Córdoba, aprobada por resolución No 3775 del 22 de Diciembre de 2003, inició labores en la vereda de Merchán del Municipio de Saboyá, departamento de Boyacá, con licencia de funcionamiento para el curso de primero de bachillerato (sexto grado) por medio de la resolución No 0173 del 20 de enero de 1981 y dependiendo de la Normal de Saboyá. El 20 de enero de 1982, por medio de resolución No 00030 de la Secretaría de Educación de Boyacá, se le concede licencia de funcionamiento para el curso segundo de bachillerato (séptimo grado), modalidad académica.
Por medio de la resolución 000243 del 16 de marzo de 1984, se amplió la licencia de iniciación de labores para los grados séptimo, octavo y noveno de educación básica secundaria con modalidad académica.
Según el acuerdo No 003 de mayo 18 de 1986 del Concejo Municipal fue creado como Colegio Municipal “JOSE MARIA CORDOBA” y por ordenanza No.50 de Diciembre 05 de 1986 de la Asamblea Departamental se oficializa a partir del 01 de enero del siguiente año.
De acuerdo a la resolución No 23507 del 30 de Diciembre de 1998 el colegio fue aprobado oficialmente para el año 1981 los estudios correspondientes para el grado sexto de Educación Básica Secundaria; por 1982 y 1983, los grados sexto y séptimo; por 1984 los grados sexto, séptimo y octavo y a partir de 1988 hasta el año 1991 con los grados sexto, séptimo, octavo y noveno del nivel de Educación Básica Secundaria, orientación académica y Colegio Municipal Mixto “JOSE MARIA CORDOBA”.
Por resolución 00780 del 18 de noviembre de 1992 se aprueban los años 1992 y hasta 1994 inclusive, los estudios correspondientes a los grados Sexto a Noveno de Educación Básica Secundaria Modalidad Académica del Colegio Municipal Mixto José María Córdoba.
Por resolución No 0000665 del 8 de agosto de 1994, fue aprobado el grado Décimo de Educación Media Vocacional y en los años 1994 y 1996, los grados de Sexto a Noveno de Educación Básica Secundaria y grados Décimo y Once de Educación Media Vocacional con modalidad académica, otorgando el título de Bachiller académico.
El 6 de octubre de 1998 según resolución No 3448 fue autorizado el establecimiento educativo para conceder respectivamente el certificado de estudios de Bachillerato Básico y el Título de Bachiller Técnico con especialidad agroambiental y por Resolución No 3198 del 13 de octubre del año 2000, se autorizó otorgar el título de bachiller Académico con profundización en Educación Ambiental.
Por medio de la resolución 02465 del 30 septiembre de 2003, se autoriza fusionar los establecimientos educativos: Colegio Municipal José María Córdoba con la Escuela Fray Miguel Díaz, ubicados en el Municipio de Saboya en una sola institución Educativa bajo la razón Social de Institución Educativa José María Córdoba.
Mediante resolución 3775 del 22 de Diciembre del año 2003, fueron fusionadas las Escuelas Barranco Negro, San Luis Cardonal, Chebre, San Juan Bautista de la Salle, San Vicente y Merchán Bajo y aprobadas como Institución Educativa “JOSE MARIA CORDOBA”, autorizada para otorgar certificado de estudios de Bachillerato Básico y el título de Bachillerato Técnico con profundización en Educación Ambiental y con especialidad Agro-ambiental respectivamente. Por resolución No 00159 de 05 de Febrero de 2009 fueron fusionadas las siguientes sedes: Sede Moravia Sede Merchán Bajo, Sede Fray Miguel Díaz, Sede San Vicente, Sede San Juan Bautista de la Salle, Sede Barranco Negro, Sede Chebre y Sede San Luis Cardonal, en una sola institución Educativa cuya razón Social es: Institución Educativa José María Córdoba.
En el año 2011 se dio inicio al proceso de articulación con la Universidad Católica del Norte, siendo aprobada por la Secretaria de Educación de Boyacá la modalidad de Técnico Laboral en Producción Agroindustrial de Alimentos. En el año 2014 la I.E. se articula con el SENA en el programa de Gestión en Sistemas de Manejo Ambiental y desde el 2017 se implementa con los estudiantes el programa técnico en Cultivos Agrícolas, el cual finalizo en el 2018.